22 мая 1973 года на базе седьмого комплекса ЦНИИмаш, НИИ технологии машиностроения и главного вычислительного центра Министерства общего машиностроения на правах филиала ЦНИИ машиностроения и на самостоятельном балансе с правами юридического лица было создано предприятие «Организация «Агат» по экономике и управлению.
Основателем и первым директором организации стал Владимир Михайлович Чебаненко - заслуженный деятель науки и техники РСФСР, академик РАЕН, профессор, доктор технических наук. Подробнее с историей становления АО «Организация «Агат» можно ознакомиться в статье Владимира Михайловича «К 45-летию ФГУП «Организация «Агат» Госкорпорации «Роскосмос» (начало и становление:1966-1989 г.г.)».
В разные периоды времени директорами «Организации «Агат» были: Чебаненко В.М. (1973-76 гг,), Ваницкий А.К. (1976-80 гг.; 1989-2002 гг.); Костоломов Э.Ф. (1980-82 гг.), Макаров Ю.Ф. (1982-85 гг.), Зинченко Ж.Ф. (1985-89 гг.), Алавердов В.В. (2002-2009 гг.), Куриленко А.Н. (2009-2015 гг.), Хомаза Д.В. (2015-2018 гг.), Чиркин Д.Н. (2019-2020 гг.) и внесли свой вклад в развитие научно-исследовательской организации. С 28 июля 2020 года директором АО «Организация «Агат» назначен Казинский Никита Владимирович.
Сегодня миссия АО «Организация «Агат» – осуществление функций сервисной компании финансово-экономического блока Госкорпорации «Роскосмос», в области планирования и экономического сопровождения, в том числе федеральных целевых программ (ГНИО РКП), и экспертной компании в области ценообразования для ракетно-космической промышленности и смежных отраслей.
Основными направлениями деятельности на текущий момент и на перспективу с учётом интересов заказчиков (потребителей) являются:
- «Экономика РКТ (ТЭО программ)»;
- «Экономика РКП»;
- «Экономика госконтрактов (ценообразование)»;
- «Сопровождение работ Госкорпорации «Роскосмос»»;
- «Управление интеллектуальной собственностью (РИД)»;
- «Цифровая трансформация отрасли»;
- «Другое (Коммерция и консалтинг)».